Tal como publicó Manuel García Sesma, durante la época abacial no hubo en Fitero clero secular y, como era lógico, la actividad parroquial estuvo a cargo de los monjes del Monasterio. Ni qué decir tiene que el supremo jefe espiritual de Fitero era el Abad, sobre cuyas atribuciones religiosas escribía el Prior y Archivero del Convento, Fr. Baptista Ros, en 1634, lo siguiente: "El Abad tiene jurisdicción quasi-ordinaria y es Abad Bendito, con silla pontifical en la Iglesia, báculo, mitra, pectoral, anillos y gremial. Nombra a un monje como Vicario General y a otro como Cura de almas. Aprueba las confesiones de los monjes, da licencia para predicar y lanzar censuras y excomuniones. Imparte las Órdenes Menores, da licencia para predicar y confesar a los que vienen al Monasterio y licencia para pedir limosna. Visita la iglesia cada año y asimismo los testamentos, cofradías, aniversarios y otras obras pías. Da o niega la licencia para enterrar en la iglesia y, cuando se necesita la confirmación, el Abad la hace".
Aunque no hemos encontrado ninguna lista del personal primitivo de la Parroquia, es seguro que se compondría, al menos, de un Vicario ordinario (Párroco), de un Sacristán y de un Acólito. El Censo Municipal de 1797 anotaba lo siguiente: "Párroco: 1 monje del Convento. Teniente: 1 monje del mismo. Sacerdote francés emigrado: 1 (A la sazón, era la época de la Revolución Francesa). Sacristán: 1 monje. Acólitos: 2 Sirviente de la iglesia: 1".
Los primeros vicarios ordinarios de los que tenemos noticia y cuyos nombres y fechas figuran en el Libro I de Bautizados de la Parroquia, son los seis siguientes: en 1547, Fr. Pedro González; en 1560, Fr. Andrés Sanz; en 1566, Fr. Bartolomé Ponce; en 1571, Fr. Francisco de Jaureguizar; en 1582, Fr. Alonso Aguado; y en 1583, Fr. Martín de Bea.
El último párroco de la época abacial fue Fr. Antonio de Echarri, cuya postrera anotación en el Libro de Difuntos de la época fue la nº 108, referente a la niña María Magaña Díaz, enterrada el 15-XII-1835. Seis días después, los frailes desalojaron el Convento.
