La primera desamortización, decretada por José I Bonaparte el 18 de Agosto de 1809, conllevó la exclaustración de los monjes cistercienses del monasterio de Fitero pero no ocasionó cambios en la propiedad de sus incautados bienes. Su retorno al monasterio y, sobre todo, el regreso a España de Fernando VII de Borbón, en Marzo de 1814, devolvió la situación a un estadio similar al existente antes de la Guerra de la Independencia, poniendo fin al breve período constitucional subsiguiente y volviendo al sistema de gobierno absolutista del Antiguo Régimen.
El levantamiento militar que puso en marcha el Teniente Coronel Rafael del Riego acabó forzando el apoyo a la Constitución de 1812 por parte de Fernando VII, el 10 de Marzo de 1820. En Navarra la reacción fue desigual pues el Ayuntamiento de Pamplona se adhirió a la causa constitucional y propició la elección de un Jefe Político interino de la provincia, que se encargó de enviar circulares a los pueblos para que juraran la Constitución, mientras que la Diputación del Reino, fiel a sus principios forales, prefirió el destierro y la autodisolución. En cualquier caso, el triunfo del constitucionalismo en 1820 ocasionó una nueva desamortización civil y eclesiástica. El 26 de Agosto, como recogió José María Mutiloa Poza, circuló en Navarra la Real Orden que declaraba suspensa toda profesión religiosa, la venta de los bienes de la extinguida Inquisición y los de la Compañía de Jesús, incorporando sus respectivos bienes al Crédito Público y, el 1 de Octubre de 1820, la ley por la que quedaron extinguidos los monasterios y suprimidos los regulares. Sin embargo, los monjes no abandonaron sus monasterios hasta que se presentaba la autoridad y les intimaba la orden de evacuar. Para ello, como señaló José María Mutiloa, el Secretario de Hacienda dispuso de 55 delegados, uno por cada provincia, cada uno de los cuales, a su vez, delegaron para cada uno de los monasterios en un subdelegado que, en presencia del abad o superior y la del delegado del comisionado del Crédito Público de la provincia, pusieron en práctica las órdenes recibidas, tras realizar escrupulosamente los cinco inventarios en cada monasterio: el primero comprende los títulos de pertenencia, censos, foros, diezmos, prestaciones de toda clase, juros, efectos de villas, etc. El segundo cataloga los bienes muebles y efectos "semovientes", vales reales, créditos contra el Estado y particulares. El tercero está formado por las fincas rústicas y urbanas con expresión de sus arriendos. Un cuarto inventario anota los cuadros, libros y efectos de biblioteca. En el quinto figuran los vasos sagrados, alhajas, ornamentos y demás pertenencias del culto.
Manuel García Sesma citó a Mutiloa, quien recogió la fecha del 4 de Noviembre de 1820 como la correspondiente a la supresión del Monasterio de Fitero, precisando que su abandono tuvo lugar el 22 de Febrero de 1821 y destacando que tampoco esta desamortización cambió sensiblemente la tenencia de la tierra aunque mejoró bastante la condición de los censatarios, al quedar suprimidos de hecho los diezmos y primicias, el luismo, la fadiga y demás pechas monacales, y copió los datos ofrecidos por éste acerca del arriendo realizado por el Crédito Nacional de ciertos bienes de Fitero: un horno, un trujal de aceite, 45 robadas de viña, varias dehesas, corralizas y yerbas, así como diversas huertas y la nevera de San Valentín. Sin citar que parte de las fincas quedaron incultas y sin arrendar, bien por deficiencias de la tierra misma o de su emplazamiento, o por falta de personal, aparte de los bienes incautados que fueron subastados en Tudela, como también expuso Mutiloa, entre los que se encontraban: la Casa de Baños, el Trujal, el Batán de paños, situado sobre el río Molinar, y 13 casas pertenecientes al monasterio de Fitero, siendo su importe total en el remate 922.960 reales de vellón, descontada la venta del Horno que se mandó suspender. Pedro Barrera de Tudela se hizo con la Casa de Baños por 738.000 reales de vellón, valuada la venta en 663.961, mientras el resto lo adquirió Bernardo Bayo, vecino de Fitero al mismo precio que el de venta, el 27 de diciembre de 1820.
Acabado el Trienio Liberal, como registró Mutiloa, por la ley de 11 de junio de 1823, todos los monasterios fueron repuestos y por la ley de 13 de agosto se ordena la devolución de bienes muebles e inmuebles y demás efectos a dichos regulares, lo que permitió a los cistercienses volver a su convento diez días después. Sin embargo, no acabaron aquí las penurias de los monjes fiteranos pues, tras la fallida Desamortización, la Santa Sede siempre hábil en resolver problemas tan complicados como los que surgieron en la España decimonónica, concede a Fernando VII como remedio a su erario exhausto, un subsidio de 10 millones anuales a cargo del clero regular y secular.
El levantamiento militar que puso en marcha el Teniente Coronel Rafael del Riego acabó forzando el apoyo a la Constitución de 1812 por parte de Fernando VII, el 10 de Marzo de 1820. En Navarra la reacción fue desigual pues el Ayuntamiento de Pamplona se adhirió a la causa constitucional y propició la elección de un Jefe Político interino de la provincia, que se encargó de enviar circulares a los pueblos para que juraran la Constitución, mientras que la Diputación del Reino, fiel a sus principios forales, prefirió el destierro y la autodisolución. En cualquier caso, el triunfo del constitucionalismo en 1820 ocasionó una nueva desamortización civil y eclesiástica. El 26 de Agosto, como recogió José María Mutiloa Poza, circuló en Navarra la Real Orden que declaraba suspensa toda profesión religiosa, la venta de los bienes de la extinguida Inquisición y los de la Compañía de Jesús, incorporando sus respectivos bienes al Crédito Público y, el 1 de Octubre de 1820, la ley por la que quedaron extinguidos los monasterios y suprimidos los regulares. Sin embargo, los monjes no abandonaron sus monasterios hasta que se presentaba la autoridad y les intimaba la orden de evacuar. Para ello, como señaló José María Mutiloa, el Secretario de Hacienda dispuso de 55 delegados, uno por cada provincia, cada uno de los cuales, a su vez, delegaron para cada uno de los monasterios en un subdelegado que, en presencia del abad o superior y la del delegado del comisionado del Crédito Público de la provincia, pusieron en práctica las órdenes recibidas, tras realizar escrupulosamente los cinco inventarios en cada monasterio: el primero comprende los títulos de pertenencia, censos, foros, diezmos, prestaciones de toda clase, juros, efectos de villas, etc. El segundo cataloga los bienes muebles y efectos "semovientes", vales reales, créditos contra el Estado y particulares. El tercero está formado por las fincas rústicas y urbanas con expresión de sus arriendos. Un cuarto inventario anota los cuadros, libros y efectos de biblioteca. En el quinto figuran los vasos sagrados, alhajas, ornamentos y demás pertenencias del culto.
Manuel García Sesma citó a Mutiloa, quien recogió la fecha del 4 de Noviembre de 1820 como la correspondiente a la supresión del Monasterio de Fitero, precisando que su abandono tuvo lugar el 22 de Febrero de 1821 y destacando que tampoco esta desamortización cambió sensiblemente la tenencia de la tierra aunque mejoró bastante la condición de los censatarios, al quedar suprimidos de hecho los diezmos y primicias, el luismo, la fadiga y demás pechas monacales, y copió los datos ofrecidos por éste acerca del arriendo realizado por el Crédito Nacional de ciertos bienes de Fitero: un horno, un trujal de aceite, 45 robadas de viña, varias dehesas, corralizas y yerbas, así como diversas huertas y la nevera de San Valentín. Sin citar que parte de las fincas quedaron incultas y sin arrendar, bien por deficiencias de la tierra misma o de su emplazamiento, o por falta de personal, aparte de los bienes incautados que fueron subastados en Tudela, como también expuso Mutiloa, entre los que se encontraban: la Casa de Baños, el Trujal, el Batán de paños, situado sobre el río Molinar, y 13 casas pertenecientes al monasterio de Fitero, siendo su importe total en el remate 922.960 reales de vellón, descontada la venta del Horno que se mandó suspender. Pedro Barrera de Tudela se hizo con la Casa de Baños por 738.000 reales de vellón, valuada la venta en 663.961, mientras el resto lo adquirió Bernardo Bayo, vecino de Fitero al mismo precio que el de venta, el 27 de diciembre de 1820.
Acabado el Trienio Liberal, como registró Mutiloa, por la ley de 11 de junio de 1823, todos los monasterios fueron repuestos y por la ley de 13 de agosto se ordena la devolución de bienes muebles e inmuebles y demás efectos a dichos regulares, lo que permitió a los cistercienses volver a su convento diez días después. Sin embargo, no acabaron aquí las penurias de los monjes fiteranos pues, tras la fallida Desamortización, la Santa Sede siempre hábil en resolver problemas tan complicados como los que surgieron en la España decimonónica, concede a Fernando VII como remedio a su erario exhausto, un subsidio de 10 millones anuales a cargo del clero regular y secular.