La pretensión del emperador francés Napoleón I Bonaparte de instaurar y consolidar en el trono de la España ocupada por sus tropas, a su hermano mayor, José I Bonaparte, condujo a los españoles a la Guerra de la Independencia. La villa y el Monasterio de Fitero no fueron ajenos a este conflicto bélico y, como tantos otros monasterios e instituciones, tuvieron que contribuir al sostenimiento de los ejércitos de ambos contendientes, realizando diversos e importantes pagos tanto en dinero en efectivo como en especie, entre el 25 de Junio de 1808, cinco días después de que los franceses llegaran a Fitero y se llevaran presos a Tudela a los primeros nueve vecinos con los que se encontraron y a los que liberaron 8 días después, y el 18 de Octubre de 1809, fecha en la que los 33 monjes cistercienses de Fitero fueron exclaustrados como consecuencia de la desamortización, decretada el 18 de Agosto por José I, según la cual se suprimieron las órdenes monacales, mendicantes y de clérigos regulares, adjudicando sus bienes a la Real Hacienda y forzando a los monjes a abandonar sus conventos y a vestir los hábitos de los sacerdotes seculares, a partir de los quince días posteriores a dicha fecha.
Los días previos al de la famosa batalla de Tudela, de la que salieron victoriosas las tropas francesas, entre el 3 y el 22 de Noviembre de 1808, el Monasterio de Fitero mantuvo en sus dependencias y a sus expensas un hospital militar para el Ejército del Centro, que estaba bajo el mando del general Francisco Javier Castaños Aragorri Urioste y Olavide, por encargo de la Junta Central Suprema y Gubernativa del Reino de España. Función de hospital castrense que las dependencias del desamortizado monasterio volvieron a desempeñar para los soldados que acudían a Baños de Fitero durante los casi cuatro años que estuvo bajo la ocupación francesa, entre el 25 de Agosto de 1809 y el 2 de Junio de 1814, pues los cistercienses no regresaron a su Monasterio de Fitero hasta el 22 de Julio.
A principios de Octubre de 1813 los franceses cruzaran los Pirineos definitivamente, continuando la guerra en Francia hasta que Napoleón se rindió a los aliados. Sin embargo, el final de la invasión francesa no acabó con las penurias por las que aún tuvo que pasar la villa, como consecuencia de esta guerra. Así, el 18 de Noviembre de 1813, el alcalde de Fitero, licenciado Tiburcio Asiain (abogado de los Tribunales Nacionales), hizo constar en el acta de la sesión del Ayuntamiento que con motivo del establecimiento en esta villa de un Hospital Militar para el Tercer Ejército [español, acantonado en la región de Pamplona pero trasladado entonces a la comarca de Tudela, estando ubicado el hospital destinado a su 2ª División en los Baños de Fitero], que debe sostenerse a expensas de la misma, son tan considerables los gastos que se han originado y que indispensablemente se originarán en adelante que iba a ser necesario proceder a la venta de algunas propiedades para poder afrontarlos. Además de los gastos ya asumidos durante la ocupación francesa por medio de las dos operaciones de venta de parte de las piezas de plata de la Iglesia, realizadas por la villa en Junio de 1810 y en Septiembre de 1811.
A principios de Octubre de 1813 los franceses cruzaran los Pirineos definitivamente, continuando la guerra en Francia hasta que Napoleón se rindió a los aliados. Sin embargo, el final de la invasión francesa no acabó con las penurias por las que aún tuvo que pasar la villa, como consecuencia de esta guerra. Así, el 18 de Noviembre de 1813, el alcalde de Fitero, licenciado Tiburcio Asiain (abogado de los Tribunales Nacionales), hizo constar en el acta de la sesión del Ayuntamiento que con motivo del establecimiento en esta villa de un Hospital Militar para el Tercer Ejército [español, acantonado en la región de Pamplona pero trasladado entonces a la comarca de Tudela, estando ubicado el hospital destinado a su 2ª División en los Baños de Fitero], que debe sostenerse a expensas de la misma, son tan considerables los gastos que se han originado y que indispensablemente se originarán en adelante que iba a ser necesario proceder a la venta de algunas propiedades para poder afrontarlos. Además de los gastos ya asumidos durante la ocupación francesa por medio de las dos operaciones de venta de parte de las piezas de plata de la Iglesia, realizadas por la villa en Junio de 1810 y en Septiembre de 1811.
Por su parte, el 24 de Diciembre de 1814, el prior y presidente mayor, fray Bartolomé Oteiza, natural de Fustiñana, presentó un informe ante la Diputación Provincial de Navarra, conteniendo una relación pormenorizada de los perjuicios que este conflicto le había ocasionado a su Monasterio de Fitero. Destacando los citados pagos a ambos ejércitos y la venta de objetos de plata que había realizado el Ayuntamiento de Fitero, así como los daños causados por las tropas francesas de ocupación en el propio edificio del monasterio y en diversas propiedades, entre las que también se encontraba el damnificado santuario de Yerga.
Cabe señalar que, durante los años de la ocupación francesa del Monasterio de Fitero, en la villa hubo un alcalde ordinario diferente cada año, siendo José Atienza en 1808, Tiburcio Asiain Magaña en 1809, Juan Antonio Medrano en 1810, Félix Latorre en 1811, de nuevo Tiburcio Asiain en 1812, Joaquín Val en 1813 pero sólo hasta la proclamación de la Constitución de Cádiz, que en Fitero tuvo lugar en septiembre de 1813, como publicó Jesús Soria, y que condujo a la reelección de Tiburcio Asiain como alcalde de la Villa. Elección que sólo duró unos meses pues, en diciembre, se produjeron nuevas elecciones municipales anuales que hicieron que, en 1814, lo fuera de nuevo José Atienza, como anticipo del regreso al Antiguo Régimen, al que Navarra regresó en mayo de este año.
