La fundación de un monasterio medieval requería la participación de tres partes principales: los monjes que iban a formar la nueva comunidad que se regiría por una determinada Regla o forma de vida, el obispo de la diócesis en la que se fundaba el monasterio y el patrocinador que promovía y que, en buena medida, sufragaba los gastos de esta fundación.
Hasta hace no muchos años venían prevaleciendo las leyendas sobre los datos aportados por la documentación que se conserva acerca de los primeros años de vida del monasterio de Fitero, lo que dificultaba enormemente su estudio. Afortunadamente, poco a poco se ha venido arrojando luz acerca de este oscuro proceso y ya no cabe duda de que la sede provisional del primer monasterio cisterciense de la península Ibérica estuvo ubicado en la ya entonces despoblada villa castellana de Niencebas (despoblado de Alfaro limítrofe con Corella, ubicado en el valle por el que discurre el arroyo de la Fuente de los Cantares, en las cercanías de las ruinas de la Venta del Pillo, entre aquella y el cabezo de Morterete), en la falda meridional del monte Yerga, en Octubre de 1140.
El fundador y también su primer abad fue Raymond, natural de Saint Gaudens (Haute-Garonne, Midi-Pyrénées) y que acabó siendo conocido como San Raimundo de Fitero, patrón de esta villa navarra, quien cruzó los Pirineos al frente de una comunidad procedente del monasterio cisterciense de l’Escaladieu o Scalæ Dei (Bonnemazon, Hautes-Pyrénées), que entonces se encontraba en su sede original de Cabadur (Gripp, Campan, Hautes-Pyrénées). El promotor y patrocinador fue el rey de Castilla y León, Alfonso Raimúndez, más conocido como Alfonso VII el Emperador, con el objeto de que esta comunidad cisterciense desempeñara una labor similar a la que en nuestros días realizan los Cascos Azules de la organización internacional de las Naciones Unidas, en lo que entonces era la incipiente frontera de Castilla con los recién escindidos reinos de Pamplona y Aragón. Finalmente, añadir que la diócesis en la que se instaló este primer monasterio cisterciense ibérico fue en la de la sede episcopal de Calahorra, bajo la mitra del obispo Sancho de Funes.
La localización inicial del Monasterio de Fitero, tanto desde el punto de vista político como religioso, nada tiene que ver con su ubicación actual: Comunidad Foral de Navarra y Arzobispado de Pamplona y Tudela o con la previa del reino de Navarra y Tarazona. Lo que quizá ayuda a explicar el por qué los orígenes del Monasterio de Fitero ahora no ineteresan casi nada a los navarros, por hallarse en La Rioja, ni tampoco a los riojanos, por tratarse de un monasterio que, en 1374, pasó a depender del rey de Navarra y tampoco lo sienten como algo suyo. Como se suele decir: Unos por otros, la casa sin barrer.