Acabada esta contienda bélica, Cirilo Castro presentó una instancia solicitando la dirección de uno de los balnearios vacantes, por los servicios que prestó como segundo Ayudante médico provisional de Sanidad Militar [en el ejército del Centro, desde el 17 de Junio de 1839], y los riesgos sufridos por la causa liberal, de cuyas resultas fué saqueada su casa en 1837, ante el Subsecretario de Gobernación, quien la remitió a la Real Junta Superior Gubernativa de Medicina y Cirugía el 22 de Diciembre de 1841. De ahí que el Gobierno, en 30 de enero de 1842, traslada a la Junta la orden que con la misma fecha dirige al Jefe Político de Pamplona participándole el nombramiento de D. Cirilo Castro Laplana para la dirección de los Baños de Fitero, según publicó Leopoldo José María Martínez Reguera. Quién también recogió que la Junta Suprema de Sanidad, al evacuar su informe relativo a los Sres. Castro y [José] Salgado [Guillermo], en 7 de Enero de 1845, la Real Orden que salió el 31 de Mayo de 1846, con el principal objeto de abolir las interinidades, utilizando los conocimientos de los Directores que las desempeñaban, otorgándose a nuestro interesado, en 26 de Marzo de 1846, la propiedad de la Dirección de Fitero, que venía ocupando interinamente desde el 30 de Enero de 1842, y que pretendió en 5 de Diciembre de 1844 sin sueldo, sólo con los emolumentos reglamentarios, consignando el Ministro en su concesión que se anotasen las circunstancias en que se funda este excepcional nombramiento, "de manera que no pueda servir de regla para lo sucesivo".
Cirilo Castro analizó en 1843 dichas aguas y en 1844 contestó al cuestionario circulado ese mismo año por la Comisión del Manual de Baños, nombrada por S. M. para redactar el Manual de aguas y baños minerales del Reino, con un informe de 13 hojas en el que aportaba datos acerca de las aguas y Baños minerales de Fitero que fue utilizado por Pascual Madoz Ibañez en la voz Fitero de su Diccionario Geográfico-Estadístico-Histórico de España y sus posesiones de Ultramar, editado en 1847. Precisamente, el 11 de Diciembre de 1844 se leyó un oficio del Ministerio de la Gobernación de fecha 2 de Diciembre con la Real Orden, para que se reconociera como establecimiento público los baños y aguas minerales de Fitero, como publicó José Mª. Mutiloa Poza.
Entonces las temporadas médicas de baños se prolongaron entre el 15 de Mayo y el 15 de Octubre, con ligeras modificaciones, y, fuera de ellas, Cirilo Castro residía unos años en Barbastro y otros en Madrid. Escribió varias memorias anuales y en la de Diciembre de 1845, año en el que se volvieron a analizar estas aguas termales, incluyó una sección dedicada a "Mejoras materiales" que necesitaba el establecimiento y que también debieron ser atendidas por su propietario, Juan José Aréjula, como éste vino haciendo desde la llegada de Cirilo Castro a Fitero, en la que supuso la segunda gran reforma de este balneario desde 1768. En Diciembre de 1848 presentó sendas memorias correspondientes al establecimiento principal o antiguo y al nuevo de Baños de Fitero, por lo que estuvo a cargo de ambos desde que se inauguró éste, en 1846, hasta 1848 y quizá también en 1849. A partir de esta o de la temporada siguiente parece que ya sólo lo fue del que había pasado a ser el antiguo balneario, en el que permaneció ejerciendo hasta el 5 de Agosto de 1856, fecha en la que falleció de una apoplejía fulminante. Regularizándose a partir de entonces, aunque por duplicado, la función del Médico-Director en los dos establecimientos de Baños de Fitero.
