El objetivo de la famosa Desamortización de Mendizábal era el de intentar dinamizar la economía española, desposeyendo de sus pertenencias a las Órdenes Religiosas de la Iglesia con el fin de reducir la deuda pública y proporcionar al Estado medios económicos con los que financiar la segunda Guerra Civil Española o más conocida como primera Guerra Carlista.
Esta Desamortización supuso el final del monasterio cisterciense de Fitero y, como publicó Manuel García Sesma, esta tercera y definitiva supresión tuvo lugar en 1835, en aplicación del Decreto de 11 de Octubre de dicho año, dictado por el Primer Ministro, Juan Álvarez Mendizábal. En Navarra, la disposición afectó, esta vez, a la Colegiata de Roncesvalles y a 7 conventos: los de Fitero, La Oliva, Irache, Marcilla, Leyre, Urdax e Iranzu.
En esta ocasión, los frailes de Fitero abandonaron para siempre su convento, el 21 de diciembre de dicho año; o sea a los 70 días de la promulgación del Decreto de Mendizábal. Componían a la sazón, la comunidad 14 sacerdotes, 6 coristas y 1 lego. La abadía estaba vacante y figuraba al frente de ella Fr. Antonio Echarri, en ausencia del Prior, Fr. Esteban Cenzano.
Previamente a la salida de los monjes, se realizó el tercero y último Inventario. Empezóse el 13 de noviembre de 1835 y se acabó el 20 de diciembre siguiente. Vino a hacerse cargo del Monasterio y a ordenar el Inventario don Melchor de Azcárate, vecino de Tudela, como Comisionado de Arbitrios de Amortización. A la sazón, era alcalde de Fitero, don Mamerto Medrano; y escribano del Ayuntamiento -y hasta entonces asimismo del Convento- don Celestino Huarte.
Tras la Desamortización de Mendizábal, la villa de Fitero comenzó una nueva etapa en su Historia, finalmente independiente de quienes la habían fundado en 1482 y fueron sus señores durante más de tres siglos. Cabe destacar que aún no se ha cumplido siquiera su segundo centenario y que todavía sigue omnipresente el recuerdo del monasterio cisterciense que fundó su Patrón, San Raimundo de Fitero, a mediados del siglo XII. A pesar de que, salvando algunos honrosos pasajes puntuales de su Historia, la de la Villa y, por tanto, la de los fiteranos, aún es casi desconocida y está por escribir.
